Die Stadt Borken ist neben der Abwassersammlung auch für die Abwasserreinigung zuständig. Zu diesem Zweck betreibt sie eine zentrale Kläranlage. Diese mechanisch-biologische Abwasserreinigungsanlage ist für 140.000 Einwohner ausgelegt. Da in diesem Wert auch Kapazitäten für Industriebetriebe enthalten sind, ist er wesentlich höher als die Einwohnerzahl Borkens.

Die Kläranlage besteht aus:

• Rechen,
• Sandfang,
• Vorklärbecken zur mechanischen Vorreinigung,
• einer zweistrassigen intermittierend betriebenen Belebung zur biologischen Abwasserreinigung,
• drei Nachklärbecken zur Sedimentation der absetzbaren Stoffe,
• einer Filtration mit acht Kammern

Um für die Zukunft gerüstet zu sein, werden auf der Kläranlage innovative Projekte durchgeführt. So beteiligt sich die Stadt Borken an einem Pilotprojekt zur Entwicklung eines SARS-CoV-2 Abwassermonitorings. Daneben wird eine Erweiterung der Kläranlage um eine vierte Reinigungsstufe testweise erprobt.